בתוכנת אמיר תזרים מזומנים כלים יחודיים לניהול חשבונות המט"ח .
כל חשבון מט"ח מנוהל בתוכנה כחשבון נפרד, בדומה לניהול חשבונות העו"ש.
כל תזרים מנוהל בערכי המטבע שלו לדוגמא חשבון דולרי מנוהל בדולרים.
על מנת לשייך קובץ תזרים למטבע, יש להכנס לתפריט אפשרויות - מטבע.
1. התאמת בנק לחשבונות מט"ח - לאחר הגדרת מטבע החשבון תתחבר התוכנה, באופן אוטומטי, לחשבון המט"ח באתר הבנק ותבצע התאמת בנק אוטומטית כמו בחשבונות השקליים.
2. המרת מטבעות - לאחר בחירת מטבע התזרים, ניתן לצפות בכלל החשבונות לאחר הורדת שערי מט"ח והמרה אוטומטית. הצפיה בכלל החשבונות המומרים נעשית במסך החשבונות המאוחד.